El largo período de la Edad Media, que se extiende desde la antigüedad tardía hasta principios del Renacimiento, está marcada por la dominación de un pensamiento: la religión cristiana. Con el paso de los siglos, la religión cristiana se había unificado, quedando sometida a la autoridad del Papa. El cristianismo empapaba toda la sociedad, desde lo más alto hasta lo más bajo de la escala social; rige la vida de las personas y va imponiendo con mayor firmeza sus dogmas, es decir, las afirmaciones fundamentales indiscutibles e intangibles..
La noción de herejía volvería a aparecer a finales del siglo X. El primer milenio está marcado por la lucha entre el bien y el mal: bajo el estandarte del Papa, la guerra santa estaba justificada contra los infieles y los herejes.
En la vida del individuo, esta espiritualidad se reflejaba en una preocupación constante: el perdón de los pecados y la salvación del alma después de la muerte. En su búsqueda del perdón, la vida del individuo, ya sea rico o pobre, estaba dirigida por la Iglesia. Los sacramentos, las peregrinaciones, las donaciones o la devoción a las reliquias de los santos participaban en la expresión de la fe. Para un noble medieval era realmente provechoso hacerse enterrar cerca de las reliquias de un santo o hacer donaciones a una abadía. Para cualquier persona, la peregrinación era un camino hacia el perdón...
Junto con el clero secular, que vivía «en el siglo» para guiar a los creyentes, como los obispos o los sacerdotes, estaba el clero regular, que oraba por la salvación de todos. El clero regular son los monjes, cuya vida está organizada por una regla. Desde la antigüedad se habían fundado muchas reglas, pero solo una dominaba el mundo cristiano occidental: la regla benedictina.
En el siglo XII, la Iglesia que se había hecho rica y poderosa, estaba atravesada por varias corrientes, que abogaban por un retorno al ideal de la pobreza. Durante esta época nacieron nuevas órdenes, que en ocasiones necesitaron algo de tiempo para ser aceptadas por el Papado como, por ejemplo, la orden de los franciscanos. También surgieron corrientes, que la Iglesia consideró como «herejías», es decir, pensamientos que estaban en contradicción con el dogma. El catarismo, por ejemplo, es una de estas corrientes.
La regla de san Benito
Redactada en el siglo VI por Benito de Nursia, la regla benedictina fue retomada en el siglo IX por Benito de Aniano. Este monje, nacido en Septimania, cerca de Montpellier, era un consejero cercano al hijo Carlomagno: Luis el Piadoso. La reforma pretendía organizar la vida de los monjes en torno a la oración, el trabajo y la gloria del poder carolingio. Bajo su influencia aumentaron las fundaciones de abadías hasta los confines más alejados del Imperio, dirigidas por abades, a menudo muy cercanos al poder real o señorial. Mientras que los monjes de la antigüedad tardía viajan por toda Europa para evangelizar, los monjes de la Edad Media vivían en comunidad en los monasterios aislados. Estos monasterios ricamente dotados eran verdaderos pulmones económicos y acabaron por atraer a la población para formar pueblos y, a veces, ciudades. La regla benedictina no fue la única que surgió desde la antigüedad, también se fundarían otras reglas más tardías, pero ninguna conoció la difusión y la influencia de la regla benedictina.
El catarismo
El catarismo occitanos cátaros está constituido por un conjunto de iglesias autónomas, que mantenían buenas relaciones entre ellas. La iglesia cátara estaba compuesta por creyentes y un clero de buenos hombres y buenas mujeres, dirigidos por obispos y diáconos. Las comunidades cátaras vivían según varias reglas: la pobreza, la castidad, el vegetarianismo y el trabajo manual. Instalados en las viviendas o en los talleres, los buenos hombres y las buenas mujeres estaban en contacto con la población. Este clero cátaro visita a las familias para bendecir el pan en la mesa o para predicar y para que pudieran hablar con ellos. Se distinguían de los católicos por su concepto de dualidad. Para ellos, el mundo de la carne era la obra del diablo y las almas estaban encerradas en las «túnicas de piel». Cristo había llegado para liberarlos, no se había hecho hombre y, por lo tanto, no estaba presente en la Eucaristía. Solo reconocían un sacramento, el «consolamentum», que se impartía durante el matrimonio, la extremaunción, el bautizo, etc. Sin embargo, el catarismo sigue siendo un tema controvertido entre los historiadores, debido a que no hay unanimidad entre ellos a la hora de interpretar el contenido y el significado de esta corriente religiosa.
Santo Domingo y los frailes predicadores
A finales del siglo XII, Domingo de Guzmán, el futuro santo Domingo, intervino en el Languedoc a petición del Papa Inocencio III, para luchar contra los cátaros, que habían sido declarados herejes. Los cistercienses, encabezados por san Bernardo, ha habían ido para predicar, en vano. Para contrarrestar la influencia de los cátaros, santo Domingo fundó en 1206 el monasterio de Prouilhe, cerca de Fanjeaux, donde las comunidades cátaras estaban muy presentes: este monasterio fue el primero de monjas dominicas en ser fundado. También participó en la discusión teológica de Montreal, en la que se enfrentó a Benito de Termes, obispo cátaro de Razès. Pero la cruzada parecía inevitable y la persuasión dio paso a las armas. Sin embargo, santo Domingo siguió creyendo en la conversión. Fundó la orden de los Frailes Predicadores, más conocidos como los monjes dominicos, que siguen la regla de San Agustín y a los que se les anima a instruirse para poder contrarrestar las tesis heréticas.
La Inquisición
El Languedoc se encontraba bajo el dominio militar del rey de Francia, pero la herejía cátara aún no había desaparecido. La Inquisición, creada en el Languedoc en 1233, fue confiada por el Papa a los Frailes Predicadores. Su función era la de erradicar el mal y, además, tenía todo el poder. El Inquisidor era a la vez confesor, investigador y juez. El penitente era absuelto si confesaba su crimen y confesaba todo lo que sabía. Esta confesión era utilizada para identificar las comunidades y desmontarlas. La cárcel inquisitorial instalada en Carcasona, no lejos de la ciudadela, era llamada el Muro, donde se entraba pero no se salía. Sin embargo, el inquisidor nunca era el verdugo: era el brazo secular el que se encargaba de la ejecución de las sentencias de muerte, que pronunciaba contra quienes se negaban a abjurar... Los últimos dignatarios cátaros fueron condenados a la hoguera algo más de un siglo después del inicio de la Cruzada Albigense: Pèire Autièr en 1310, en Tolosa, y Guilhem Bélibaste en 1321, en Villerouge-Termenès. Los últimos creyentes conocidos fueron quemados en Carcasona entre 1325 y 1330.